Eu gosto de trabalhar com o apt-get em servidores, mas é muito difícil passar pelas diferenças de arquivos de configuração ao atualizar um sistema para uma nova versão Debian.
Idealmente, deve ser fácil ocultar as alterações nos comentários. Alternativamente, já ajudaria pelo menos a ter cores.
Não encontrei uma maneira de configurar o diff globalmente ou especificamente para o apt-get.