Verifique se você está executando o Tomboy 1.0.1 ou superior. 1.2.2-2 é a versão em Testing and Unstable atualmente. Também será a versão incluída na próxima versão do Debian Stable.
Esta versão deve suportar a sincronização on-line. O Ubuntu atualiza o Tomboy para usar o U1 por padrão, mas a sincronização é suportada pelo desenvolvedor. Abra as preferências do Tomboy e vá para a aba de sincronização. Se "Ubuntu One" não estiver disponível na lista "Serviço", selecione Tomboy Web. Em seguida, insira https://one.ubuntu.com/notes/
para o "Servidor".