Estou pensando que é a sua lata de lixo. Se você abrir o nautilus, clique com o botão direito do mouse na lixeira e acesse a lixeira vazia; o tamanho dela deve diminuir substancialmente.
Claro, estou assumindo que é uma pasta. Estou certo ou é um arquivo normal?
EDITAR:
Menos de um minuto pesquisando depois, acredito que minha resposta esteja certa. Opcionalmente, exclua-o da linha de comando. Mas primeiro, eduque-se e leia os melhores links desta pesquisa no google:
rm -rf .Trash-0/