Pelo que descobri, parece que o problema está relacionado aos programas que iniciaram automaticamente na janela anterior em que estavam abertos. Se você mover um programa para o monitor principal e, em seguida, voltar para onde eles estavam, a barra de tarefas refletirá adequadamente as janelas dos programas.
Parece que o Windows 10 gosta de lembrar em qual janela você tinha o programa aberto e até mesmo qual tamanho e posição. Infelizmente, parece não reconhecer que está em outro monitor e padroniza a primeira barra de tarefas.
Como solução alternativa até a Microsoft corrigir isso, você pode selecionar sua janela, pressionar a tecla Windows + a tecla de seta para a esquerda / para a direita (qualquer que seja o seu monitor principal) e voltar na outra direção. (você pode precisar pressionar várias vezes, dependendo de a janela estar maximizada ou não).
Depois de alternar o programa da tela principal para o monitor em que estava, a barra de tarefas mostrará corretamente os programas nos respectivos monitores.