A velocidade do MySQL não depende da memória e da CPU como no dispositivo de armazenamento (neste caso, SSD v. HDD)
Tendo em conta que um SSD já é MUITO vezes mais rápido que um HDD e mais fiável quando se trata de velocidades de leitura / escrita, também pode ser que o HDD do outro servidor possa estar nos seus últimos dias e se esforçar para transportar O seu trabalho (e o HDD tem um tempo de vida muito limitado se compara a um SSD), de modo que a idade e o desgaste que o HDD levou ao longo de sua vida útil também podem prejudicar o desempenho atual, informando a diferença de fuso horário.
Além disso, observe a diferença de dados que essas linhas de 500k representam, porque se for apenas 1 GB, então é hora de descartar esse HDD e substituí-lo. Como eu vi HDDs que tinham levado uma surra séria gastam 20 minutos escrevendo 250Mb.
Estou escrevendo tudo isso supondo que as velocidades de conexão foram as mesmas em ambos os casos.