Você precisará alterar a linha de comando que inicia o console. Não tenho certeza do que Sypder usa. Parece com o Ipython na imagem. Para iptthon qtconsole:
ipython qtconsole --no-banner
Para jupyter qtconsole:
jupyter qtconsole --no-banner
Para um console simples de cmd:
ipython console
ou
ipython --no-banner