cp -r está copiando arquivos que não existem

Question

Estou tentando copiar o conteúdo de um diretório para outro usando:

cp -r ~/dev/testing/app/ ~/dev/app/

Funciona, mas está copiando arquivos que não existem (pelo menos visualmente).

Por exemplo, index.php não está em /dev/testing/app/ , mas quando eu faço cp -r ~/dev/testing/app/ ~/dev/app/ , então index.php aparece no diretório /dev/app/ .

Eu posso ter tido index.php em /dev/testing/app/ em algum momento, mas eu já deletei. Por que ainda está copiando para o diretório /dev/app/ ?