Como você atualizou? Eu suspeito que você pode ter um python3.6 binário em algum lugar .
Em geral, você nunca deseja substituir /usr/bin/python ou /usr/bin/python3 por suas próprias versões frutadas. Partes importantes do Ubuntu exigem seus ambientes Python estáveis e, em grande parte, isso é incompatível com o fato de você estar se esquivando.
Dito tudo isso, ter um /usr/bin/python3.6 (ou /usr/local/bin/python3.6 , ou o que quer que seja no seu caminho) seria ótimo. Se você não quiser digitar tudo isso em cada vez, talvez queira examinar virtualenv e as várias opções de automação do wrapper para ele. Isso tem o bônus adicional de não ameaçar o site_packages do seu sistema com seu trabalho de desenvolvimento.