Eu tenho a instalação para funcionar corretamente. O que fiz foi colocar o arquivo deployment.config no diretório C: \ Windows \ Sun \ Java \ Deployment. A propriedade no arquivo foi configurada da seguinte forma:
deployment.system.config=file\:C\:\Sup\Java\UPGRADE\Deployment\deployment.properties
O arquivo da lista de exceções estava no mesmo diretório que o arquivo deployment.properties.