O shell interpreta caracteres dentro de [...]
como alternativas para o um caractere. Veja este exemplo:
$ touch afoo bfoo cfoo dfoo
$ print -l [ac]foo
afoo
cfoo
Então, cite o nome do host com aspas simples para evitar que o shell interprete quaisquer caracteres especiais:
$ ssh-keygen -R '[slsapp.com]:1234'