Sim, é, se você julgar que não vai dar uma boa vedação, limpe-a e coloque um pouco mais (eu faço isso como um todo) Pasta térmica é para ajudar a evitar o superaquecimento da sua CPU e potencialmente falhar, você nunca consegue um selo perfeito de metal para metal. Sua máquina funcionará sem ela, é claro, mas a melhor prática é colocar alguma pasta.
A rotação não faria diferença.