Esta resposta foi originalmente postada em: Como converter um vídeo mp4 em MPEG-1 Layer 1?
Dê uma olhada nesta resposta: Como posso compactar arquivos de vídeo no máximo? O que pode ser útil para entender o processo de transcodificação.
Existem várias GUIs capazes de executar essa tarefa, que inclui, mas não limita:
Conversor de mídia móvel
WinFF
E muitos mais .
Meu favorito é o Mobile Media Converter, mas usei o WinFF, Transmaggedon, Arista Transcoder e muitos outros no passado com excelentes resultados.
Boa sorte!