O cPanel não discrimina entre domínios ao validar tentativas de login. Qualquer tentativa de login em qualquer página que seja resolvida para o servidor (ou seja, qualquer domínio ou IP, usando o subdomínio de proxy cpanel. ou :2083 port) será validada com relação ao mesmo conjunto de combinações de usuário / senha.
No entanto, considerando seu exemplo, não deve ser possível para um usuário usar senhas diferentes ao efetuar login em domínios diferentes. As combinações de usuário / senha de serviço são de todo o sistema e não podem ser alteradas para apenas um domínio.