A execução de metacity --replace não o torna executado como um daemon. Se você pressionar Ctrl-C ou impedir que o processo de metacidade seja executado (o terminal de fechamento também faria isso), você ficará sem um gerenciador de janelas. É por isso que você perde as decorações da sua janela. Não sei exatamente por que o teclado pára de funcionar (imagino que, assim que o gerenciador de janelas for fechado, novas atualizações na janela, como a digitação, não serão pintadas na tela), mas testei isso e toquei em Ctrl. + Alt + F1 você ainda pode baixar para o framebuffer. Claramente, o teclado não parou completamente de funcionar; na verdade, se você clicar em um item de menu em gnome-terminal , poderá usar as setas para cima e para baixo para navegar.
Você deve executar a metacidade em um wrapper, como screen , quando precisar iniciá-lo pelo terminal e, em seguida, fechar a janela do terminal usada. Basta executar screen metacity --replace e pressionar Ctrl + A + D para desanexar do processo screen .