Eu não acredito que o que você está fazendo é possível (porque o sistema operacional tem opções diferentes para criptografia de disco inteiro para o sistema operacional, no entanto eu me pergunto se é realmente a melhor maneira de fazê-lo.
Eu tentaria algo da seguinte forma - embora possa não responder às suas preocupações, dependendo do motivo pelo qual você está fazendo a criptografia:
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Eu dividiria o SSD de 128 Gig em várias partições e abrigaria as duas OS está nele, ou seja, dual boot-lo. Eu não iria criptografar estes.
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Uma vez que o sistema operacional esteja instalado, eu instalaria o Veracrypt (eu não usei o Veracrypt, eu usei o predecessor Truecrypt, mas a mesma ideia) em cada SO.
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Eu criptografaria o disco rígido usando o Veracrypt e armazenaria todos os meus documentos e outras coisas que valessem criptografia nele. (Isso pode incluir mover meu diretório home para ele tanto no Linux quanto no Windows - não trivial, mas factível)