Arquivo host do Windows sendo ignorado ao usar VPN ou proxy

Question

Estou usando um aplicativo chamado Hostblock para impedir que anúncios e outras coisas sejam carregados. Funciona perfeitamente na conexão normal com a Internet, mas quando eu uso uma VPN ou proxy HTTP eles são ignorados e os anúncios são carregados novamente. Sei que existem muitas outras soluções para bloquear anúncios, como extensões de navegador, mas estou usando essas entradas de host para bloquear anúncios em outros aplicativos e não apenas em navegadores.

Então eu tenho 2 perguntas:

1. Por que o Windows age assim e os programas estão ignorando facilmente o arquivo de hosts?
2. Qual é a solução alternativa para isso e como aplicar todos os aplicativos se referem ao arquivo de hosts mesmo quando o proxy ou VPN é usado?

Eu uso uma conexão PPTP / L2TP, que é um arquivo com a extensão .pbk. é um recurso interno do Windows.

Estou usando o Windows 8.1 X64.