Você pode importar o certificado do servidor (ou o certificado da CA que assinou o certificado do servidor, se não for autoassinado) para o armazenamento de certificados do Windows (que o Chrome e o IE usam; o Firefox tem o seu próprio). Confiar no certificado do servidor deve funcionar apenas para esse certificado. Confiar na CA é arriscado, pois qualquer CA em quem você confia pode assinar um certificado para qualquer site, portanto, você basicamente concede ao proprietário do certificado da CA a capacidade de intermediar qualquer tráfego TLS (exceto em sites que usar pinagem, como as propriedades do Google no Chrome) de forma indetectável.
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e deve haver uma opção para importar o certificado ou salvá-lo em um arquivo. Certificados salvos podem ser abertos e importados pelo Windows.