Eu fiz algumas alterações no meu mapa de teclado escrevendo:
remove mod4 = Super_L
add control = Super_L
em ~/.Xmodmap
As alterações funcionam depois de executar xmodmap ~/.Xmodmap
Mas eles não vão ficar após o reinício.
Eu tentei adicionar o comando em ~/.bash_profile , mas sem sorte.
Também tentei adicionar xmodmap ~/.Xmodmap aos aplicativos de inicialização.
Aparentemente alguns tiveram sucesso adicionando um sono antes do comando, mas isso não me ajudou. Parece um hack para que haja uma maneira melhor.