Em resumo: Não. Seus arquivos não serão excluídos.
Por quê?
Quando a configuração original do Windows é apenas o Windows Core (se houver algum, realmente), estão em execução. O serviço de sincronização do OneDrive não é executado de todo. Isso significa que nada nos arquivos "placeholder" e nos arquivos físicos será enviado ao servidor. Eu fiz isso por um tempo e tudo estava bem.
Para garantia extra, sua máquina não ficará on-line. Portanto, mesmo que o serviço de Sincronização estivesse em execução, ele não conseguiria enviar nada on-line.