Finalmente, descobri uma solução, bem, em vez disso, uma solução.
No script python eu estava usando o MatlabEngine por matlab. Aparentemente isso só começa quando o usuário está ativo. Os detalhes ainda não sei, mas deve ser algo complicado com a licença matlab e o modelo que o imac troca alguns minutos depois que o usuário fica inativo. Seria interessante entender isso corretamente ...
O que realmente funciona é usar comandos bash em vez do MatlabEngine para chamar o matlab. Isso não oferece a interação direta com a função matlab como o MatlabEngine mas, no meu caso, totalmente suficiente.