Como dizem os comentários: nice , renice e ionice .
Normalmente, os backups não são pesados para a CPU. Você também deve considerar o uso do gerenciamento de pagecache .
O Linux armazena arquivos em cache, caso você precise lê-los novamente mais tarde. O backup estará liberando todos os seus outros buffers bem armazenados em cache e substituindo-os por itens inúteis de leitura única. Isto é o que faz tudo parecer correr muito devagar.