A causa mais provável é que alguns dos arquivos não estão sendo mostrados, então quando você vai para a pasta e "seleciona tudo", você está apenas obtendo propriedades para os arquivos visíveis, não para os ocultos.
Tente acessar o painel de controle > Opções de pasta e, na guia Exibir, em "Pastas e arquivos ocultos", selecione "Mostrar arquivos, pastas e unidades ocultos" e, mais adiante, desmarque a opção "Ocultar arquivos protegidos do sistema operacional (Recomendado)". Então faça o select-all e as propriedades novamente.
Na minha máquina de trabalho, eu exibo 44,0 GB quando todos os arquivos e pastas estão visíveis, contra 29,3 GB nas configurações padrão.