Bem, o seu administrador está certo de que isso poderia causar alguns problemas, mas ele não vai atrapalhar o seu sistema operacional. O problema de não desligar é que o seu laptop pode superaquecer, o que é muito ruim para o seu hardware. Manter o laptop conectado à estação de acoplamento quando não é necessário também é uma má idéia, porque uma oscilação de energia ou oscilações também podem danificar o hardware do laptop.
Resumindo: Desligue o laptop quando ele não estiver em uso por um tempo e mantenha-o fora da docking station quando não for necessário mantê-lo ligado. Espero que isso ajude!