Usando o Windows 8.1 Enterprise. Através do Regedit eu removi permissões de Administradores e até mesmo do Sistema para a chave HKCU:\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Internet Settings .
Eu estava supondo que isso impediria alterações em qualquer uma dessas chaves. Ainda assim, por meio do PowerShell, ainda consegui alterar o valor de ProxyEnable usando o seguinte comando:
set-itemproperty -path "HKCU:\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Internet Settings" ProxyEnable -value 1
O PowerShell é executado como um superusuário ou algo sem considerar as permissões configuradas no Regedit?