Sim. Quando o software está em execução e o sistema está ligado / conectado, o disco já aplicou suas chaves de criptografia e os dados são legíveis. Ao usar a criptografia de disco completo, um sistema aprende a 'descriptografar' a unidade durante o processo de inicialização - se algo der errado, nada poderá ser lido eo sistema não poderá inicializar o sistema operacional na unidade. Quando o sistema está on-line, os dados são vistos "através" do processo de descriptografia e, portanto, podem ser lidos. Se a unidade fosse tomada ou colocada em outro hardware, o disco seria rabugento sem a chave.
Se você estiver executando o Dropbox ou algo assim, esse processo só verá a forma não criptografada dos dados (assim como você faz) e, por causa disso, pode fazer o backup bem. Se você pensar sobre isso, não precisará localizar um arquivo, inserir uma chave de descriptografia e, em seguida, carregar o arquivo recém-descriptografado para lê-lo; já está feito porque esse processo foi feito durante a inicialização do sistema.