Seu PC com Windows ainda vê o segundo monitor como ativo quando você alterna entradas para exibir o Ubuntu, é por isso. Mas se você usar o comutador KVM para comutar o segundo monitor para uma das duas entradas, o Windows deverá vê-lo como se o monitor estivesse desligado (depende do modelo KVM). O comportamento padrão do sistema operacional nessa situação é retroceder para a visualização de um único monitor.