Minha lista de verificação (pessoalmente) seria a seguinte:
1) As coisas óbvias - porcentagens de uso de CPU e RAM e uso (s) de CPU por núcleo
2) Tempo ativo do disco rígido e tempo de resposta
3) Tempos de CPU do kernel
4) Programa de antivírus está parado
5) Bancas de rede
Claro, como verificar cada um exatamente depende do seu SO específico