Você pode usar as opções da linha de comando para iniciar a janela do terminal com as configurações desejadas.
Em codeblocks:
- Vá para Configurações > Ambiente > Configurações gerais .
- Altere a opção "Terminal para ativar programas do console" para:
I usou o seguinte para que o terminal ficasse quase centrado na tela:
gnome-terminal --geometry=80x20+300+240 -x
source 2