Primeiro, um aviso: eu testei isso apenas no atual Snappy Ubuntu Core Edge - não no desktop.
Eu acredito que a versão do snap nessa situação é irrelevante - a parte importante aqui é o desenvolvedor / editor do snap, tanto quanto a loja (e mal-humorada) está preocupada. O snap proveniente da loja está associado a um editor específico (por exemplo, sua conta de loja), enquanto o que está sendo sideloaded não é (ou talvez você possa dizer que está associado ao editor "sideloaded", heh). Isso é refletido na coluna Desenvolvedor de snap list .
Se você sideload snap "foo", e um snap pelo mesmo nome também está na loja, o que você sideloaded é considerado um pacote diferente e eu acredito que ele não será atualizado automaticamente - você terá que instalar o um publicado na loja (note que primeiro você terá que desinstalar o de uma unidade já que eles têm o mesmo nome). No entanto, se você instalar o snap "foo" da loja e, em seguida, carregar outro snap "foo" por cima dele, ele será tratado como uma nova versão e você perceberá que snap list diz que agora é sideloaded. Espero que isso signifique que ele não será mais atualizado da loja.
Observe que, se você fizer o sideload da mesma versão que o snap instalado na loja, parece que a versão da loja é sobrescrita.