Atualmente, estou procurando algo semelhante, então vou compartilhar aqui minhas descobertas.
Cyberduck - Você pode usar o Cyberduck para sincronizar sua caixa de depósito com um disco rígido externo. Eu achei o recurso de sincronização não super confiável e não exclui arquivos removidos, ele sempre adiciona os arquivos de volta.
pCloud - O pCloud substitui completamente o banco de dados e também sincroniza com o HDD externo, mas, novamente, a função de sincronização deles com unidades externas não é confiável. seria Sync.com
odrive - provavelmente o melhor caminho, mas caro!
Ainda estou procurando uma solução melhor para eles.