Provavelmente, você já tem um gerenciador de inicialização instalado no Disco 1 e pode apenas fazer o backup como está.
A partição "System" listada no Disk Manager é a partição da qual seu BIOS foi inicializado, que é determinado pelo BIOS, não pelo Windows. Por padrão, um BIOS será inicializado a partir da primeira partição ativa na primeira unidade encontrada (em discos MBR).
Você pode verificar se já existe uma configuração de inicialização válida no segundo disco simplesmente informando ao BIOS para inicializar a partir do segundo disco.