Certamente. Se você configurar o Cloudflare primeiro e alterar suas configurações de DNS para apontar para CF.
Uma vez confirmado estar funcionando, você precisará configurar seu servidor para aceitar apenas conexões dele. Você precisará, é claro, de algumas outras conexões também, então certifique-se de não se trancar - adicione um subsídio para qualquer rede que você normalmente conecte, de modo que você tenha acesso direto.
A maneira mais fácil de evitar conexões assumindo que você está executando o servidor a partir de um VPS é usar o Linux IPTABLES para evitar conexões, exceto as duas acima. Existem muitos tutoriais para IPTABLES na Web.
A propósito, essa não é uma maneira segura de evitar o DDOS, pois há vários métodos de DDOS, mas provavelmente é o melhor possível sem o uso de um datacenter protegido e de uma classe corporativa ou de operadora WAN. .