Essa caixa de pesquisa faz parte do sistema de janelas GTK e não acredito que possa ser alterada no Thunar. Thunar ainda é baseado em GTK2, eu acredito. Os widgets de seleção de arquivos GTK3 têm um recurso de pesquisa mais parecido com o Windows, o que pode ter sido feito em gerenciadores de arquivos baseados no Gnome3 / GTK3.
O Thunar é de código aberto, portanto você pode modificá-lo para incluir uma opção para desativar a pesquisa no TreeView usado para listagem de arquivos e enviar uma solicitação de patch / pull.
Você também pode pressionar a tecla de escape para fechar a caixa de pesquisa e a navegação pelo teclado é restaurada.