Claro. A maioria das máquinas-ferramentas virtuais funciona com imagens de disco , não com discos reais, e eles permitem que você crie uma imagem para a VM Win98 em qualquer lugar que desejar. Eu executei VMs off pendrives e até mesmo fora de compartilhamentos de rede através de WiFi.
(Pela mesma razão, estou supondo que você não precisa realmente do disco rígido externo, já que não há necessidade de criar partições, e as imagens de disco podem crescer sob demanda, então o toda a Win98 VM pode ser um minúsculo arquivo de ~ 500 MB .vdi ou .vmdk. Movê-lo para um HD externo não lhe traria muitas vantagens.
No entanto, se por algum motivo quiser atribuir um disco real para a VM, isso também é possível, embora geralmente oculto em "modo avançado" ou até mesmo em ferramentas de linha de comando. Por exemplo, no VirtualBox, você precisa criar uma imagem "redirecionada" especial para isso.