Um símbolo de atalho indicaria que você ligou simbolicamente a pasta C: \ Users no segundo disco. Para desfazer isso, exclua o link simbólico e mova a pasta Usuários de volta de D: \ ou onde quer que esteja.
Pode parecer assustador, mas você só precisa clicar com o botão direito do mouse no ícone de atalho da pasta Usuários e clicar em Excluir. Você pode querer testá-lo excluindo para a lixeira primeiro para assegurar-se de que o conteúdo real da pasta não está sendo excluído quando você exclui o link.
[Editar]
Devido aos requisitos adicionais do OP, por não conseguir copiar a pasta Users de volta para C: \, recomendo os seguintes dois procedimentos:
Mova todos os dados da pasta Usuários de volta para C: mas deixe as pastas de shell grandes (Desktop, Meus Documentos, Minhas Músicas, Imagens, etc.) na segunda unidade. Em seguida, reponha essas pastas de shell específicas somente em seus locais existentes usando a funcionalidade interna de realocação de pastas do shell do Windows - NÃO usando links simbólicos:
Recomendo fazer isso, mas se torna impraticável se um grande número de contas de usuário estiver envolvido.