Você deve usar um DVD / USB de instalação ou recuperação do Windows 7 para reparar primeiro a inicialização do Windows - use o "StartUp Repair" (execute-o três vezes com a reinicialização após cada execução).
O BootRepair nem sempre resolve problemas de inicialização do Windows 7.
Então você pode reinstalar o GRUB usando o Ubuntu Live DVD / USB se quiser que o GRUB controle o dual-boot.
Como alternativa, você pode deixar o gerenciador de inicialização do Windows (após o reparo) para controlar a inicialização dupla e criar um carregador de setor de inicialização para o Ubuntu na Configuração de inicialização do Windows - consulte Dual-boot Windows 7 e Linux para detalhes.