Desde que o diretório que você está modificando seja de fato o webroot, as alterações devem entrar em vigor imediatamente, a menos que o cache o esteja arruinando para você.
Antes de mais nada, certifique-se de que não haja nenhum cache do lado do servidor em execução, como Verniz . Depois disso, certifique-se de que não haja cache transparente em algum lugar, como o Squid . Com esses dois fora do caminho, tente limpar o cache do seu navegador. Se ainda assim não tiver sorte, certifique-se de que o servidor da Web esteja de fato lendo o diretório que você está modificando como webroot.
Se tudo mais falhar, você pode consultar o registro do servidor, e o que você quer procurar é uma resposta de 304 ou qualquer coisa relacionada a um acerto de cache.