Finalmente, parece que encontrei uma solução sozinho.
No registro, há chaves em HKCU\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\SettingSync\SyncData\ReportNamespace
com valores denominados RemoteInterest
definido como 1.
Parece que, se você definir esta configuração como 0, o serviço SyncSetting não tentará mais aplicar as configurações remotas.
Portanto, acabei de definir esse valor como 0 na chave HKCU\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\SettingSync\SyncData\ReportNamespace\windows\commandprompt
dos meus dois PCs e agora o tamanho da fonte parece não ser mais substituído.