De longe, a explicação mais provável é que você tem pouca memória,
Você descobre o uso de sua memória Ubuntu por meio de
# free -m
total used free shared buffers cached
Mem: 7863 4007 3855 308 303 1710
-/+ buffers/cache: 1994 5869
Swap: 6143 0 6143
Verifique o tamanho do swap usado , 0 no meu caso porque tenho 8GB de memória e não estou fazendo nada neste momento. Se, em vez disso, sua troca for totalmente usada, como presumo, sua VM está gastando todo o tempo trocando páginas de entrada e saída de memória, tornando o sistema mais lento.
Aumente o tamanho da memória da VM clicando em seu nome, em seguida em System e em Base Memory.