Você verificou se o usuário está inscrito nessas pastas? Se eles não estiverem inscritos, eles não serão verificados quanto a atualizações.
UPDATE: Parece que o Outlook 2013 ainda está tendo problemas de IMAP, o Outlook nunca foi um bom cliente IMAP, eu tenho medo. Consenso parece sugerir algumas correções possíveis. A primeira é remover a conta IMAP & volte a adicioná-lo. A segunda é dar um pontapé ao Outlook, redefinindo a pasta ROOT. Você pode estar ciente de que o IMAP tem uma pasta raiz na qual todas as outras pastas são especificadas. A opção está nas configurações da conta / Mais opções / Avançado. Talvez seja necessário conhecer a configuração do Dovecot para definir isso corretamente.
Eu normalmente uso o Mozilla Thunderbird ou, mais comumente atualmente, o cliente de webmail Roudcube. Ambos são bastante mais confiáveis. Adicionarei minha própria conta pessoal ao meu Work Outlook para ver se recebo problemas semelhantes.
UPDATE 2: Acabei de conectar minha conta pessoal, que tem e-mail, voltando aos primórdios da Internet. Consegui recriar esse problema quase que imediatamente. Eu estou realmente pensando que pode ser um problema de tempo limite com o Outlook desistindo muito rapidamente. As pastas grandes, em particular, parecem acionar esse problema, mas não aquelas que são usadas regularmente (por outro cliente de email).