Sim, você ainda poderá usar o TeamViewer, mas o TeamViewer pode não conseguir usar uma resolução diferente de 800x600. Eu costumava usar o Linux com o Teamviewer nele, e se eu inicializasse o sistema operacional sem o monitor estar ligado (o que era na maioria das vezes) ele seria reportado como nenhum monitor presente e padronizado como 800x600.
O Windows pode lembrar-se da última resolução usada mesmo sem nenhum monitor presente, mas não tenho certeza.