Eu não estou familiarizado com o KDENLive, nem com o Ubuntu .... portanto, tome o seguinte com um pouco de sal ... Dito isto, a maioria dos editores não-lineares precisará analisar os fluxos MPEG-2 antes de renderizá-los corretamente.
Você pode tentar transcodificar a mídia em outro formato de arquivo antes de trazê-los para o KDENLive.
Se você quiser manter a qualidade do arquivo e não tiver um problema com o espaço de armazenamento, tente usar o ffmpeg para criar um AVI não compactado:
ffmpeg -i [YOUR FILE PATH] -c:v rawvideo -c:a pcm_s16le -f avi [YOUR OUTPUT PATH]
Se seus arquivos MPEG-2 estiverem entrelaçados, tente adicionar -vf yadif=1
no comando acima para desentrelaçar.
Eu sei que isso não resolve o problema, mas espero que ajude!