O espaço livre não aparece depois de remover arquivos
Isso é mais provável porque os arquivos de log permanecem abertos, mesmo quando excluídos. Se você reiniciar os serviços gravados nos arquivos de log depois de removê-los, o espaço livre correto deverá ser exibido.
Isso também explica porque mostra o espaço correto após uma reinicialização.
Para aumentar o tamanho da sua partição raiz
Este é um processo de duas etapas, e eu o delinearia aqui, mas muitos guias já foram escritos, como este ou este .
Você também precisa ter certeza de que você realmente tem espaço livre diretamente após a partição raiz, assim você não sobrescreve outras partições!
Como sempre, certifique-se de criar um backup dos seus dados antes de fazer isso!