O programa Robycopy pode ser uma solução para você. Com o comando abaixo, Robocopy cria uma estrutura de árvore de diretórios contendo apenas arquivos de comprimento zero (ou seja, nenhum arquivo de dados é copiado) e faz o diretório inteiro
Robocopy SourceDir DestDir / CREATE / MIR
A GUI tem muitas dicas de ferramentas para todos os sinalizadores do comando.
Eu uso a versão GUI da Command Line do Robycopy que baixei do Sourceforge
"Atualizado a partir de comentários"