Eu não acredito que seja possível executar o suPHP em uma instalação do Apache baseada em Windows.
Dito isso, você pode restringir o acesso criando uma conta de usuário de serviço para o Apache e concedendo a ele permissões Run-As-A-Service, bem como acesso de leitura a todo o conteúdo que deseja veicular. Se houver diretórios-pais que precisem ser protegidos entre o conteúdo e a raiz da unidade, você provavelmente precisará conceder ao usuário as permissões Directory Traversal da conta do usuário para todo o caminho, bem como a permissão de leitura do conteúdo.
Com esta configuração, você poderá impedir que o Apache / PHP acesse conteúdo / arquivos não autorizados usando permissões de acesso a arquivos NTFS.