Tenho certeza que o i3gaps é um fork, essencialmente um branch modificado do i3. Então, sim, suas lacunas i3 ou i3, a menos que você saiba como separá-las, o que eu receio não fazer.
Portanto, as lacunas não funcionarão se você executar o i3wm.
No entanto, quanto ao seu problema de gráficos do i3gaps, estou bastante confiante de que é o problema padrão, que deve ser corrigido adicionando-o na parte inferior do seu arquivo i3config.
for_window [class="^.*"] border pixel 1
Fonte: link
Então, remova todas as coisas do i3, e reconstrua e instale o i3gaps e dê um segundo tiro! :)