Eu não sei como funciona o Filezilla, mas a construção (?!sub1) é um significado de lookbehind negativo "combine apenas se a palavra anterior não for sub1 . POSIX EREs não suportam lookarounds, então você precisa usar uma abordagem diferente. Por exemplo, você pode configurar um filtro usando "Filtrar qualquer item que corresponda a um dos itens a seguir" e usar esse regex:
.*sub[2-9].*
Isso significa que "corresponde a qualquer caractere e, em seguida, sub seguido por qualquer número entre 2 e 9, depois qualquer caractere novamente. Isso filtrará todas as pastas sub indesejadas. Observe que essa regex também excluirá sub11 , Não sei se isso é um problema para você.
Se os nomes dos seus diretórios forem diferentes, você precisará de uma abordagem diferente. Nesse caso, edite sua pergunta e inclua os nomes reais de arquivos e diretórios.