Eu executo o i3 no xfce no Arch Linux em um laptop. Sempre que eu conectava um monitor grande para ampliar minha área de trabalho, eu estava tendo o mesmo comportamento.
Acabei de descobrir que, jogando com as configurações de tamanho do cursor (através da GUI do xfce, no meu caso), esse problema desapareceu, pelo menos por enquanto.
Conectei e desconectei o monitor e a configuração parece ter ficado parada. Não sei o que uma reinicialização fará.