Eu tenho o mesmo problema. Eu olhei para o script /usr/bin/winusb
e encontrei linhas:
#boot dir should be lower case
if [ -d "$partitionMountPath/BOOT" ]; then mv "$partitionMountPath/BOOT" "$partitionMountPath/boot"; fi
Por isso, ele quer renomear "BOOT" para "boot", mas o FAT16 e o FAT32 não fazem distinção entre maiúsculas e minúsculas e, portanto, é o mesmo diretório.
Corrigi isso localmente alterando a linha para o seguinte:
if [ -d "$partitionMountPath/BOOT" ]; then mv "$partitionMountPath/BOOT" "$partitionMountPath/boot_" && mv "$partitionMountPath/boot_" "$partitionMountPath/boot"; fi