Muitas vezes, arquivos PDF em scripts não-latinos (especialmente RTL, como árabe, hebraico e farsi) são gerados por um software que classifica LTR-ifies o texto no nível da palavra ou do fragmento da sentença ou glifos corretos para exibir, mas você fica rabugento com o texto "lógico". Nestes casos, há muito pouco a ser feito, exceto escrever um back-converter personalizado que efetivamente não é uma opção.
No entanto, se você puder descobrir como o arquivo é criado - o que geralmente é indicado nos metadados acessíveis usando leitores de PDF comuns - pode haver uma opção para abrir o arquivo no aplicativo que o gerou ou, pelo menos, você poderia tornar sua pergunta mais específica.